Естественно-технический факультет был создан в 1995 году после разделения аграрно-технологического факультета (АТФ). Аграрно-технологический факультет (АТФ) расположен в городе Манас м/р-н «Спутник», в здании бывшего Джалал-Абадского зооветеринарного техникума.

С момента основания факультета до 1997 года руководил кандидат ветеринарных наук, доцент аграрно-технологического факультета У.З. Мурзакулов.

С 2013 года АТФ реорганизован и переименован в естественно-технический факультет (ЕТФ).

Первым из выпускников Джалал-Абадского государственного университета, защитившим диссертацию и получившим ученую степень, был студент и сотрудник АТФ Б. Эрназарова (в декабре 2002 года окончила специальность «Химия» и защитила кандидатскую диссертацию).

Два декана, творчески управлявших ЕТФ, совмещали докторскую диссертацию с выполнением этой должности (А.Аширалиев-2002 год, А.П.Алибаев-в 2008 году.)

С 2017- по июнь 2025года руководил факультетом к.т.н., доцент Шамиев Ж.Б.

С 2025 года факультет преобразован в Аграрно-технический институт и первым директором института назначена д.э.н., профессор Карбекова А.Б.

Информация о подготовке специалистов

В составе института функционируют 3 кафедры:

• кафедра ветеринарной медицины;
• электроэнергетика и механика;
• кафедра автоматизированные системы управления

Материально-техническая база

Материально-техническая база института состоит из 12 учебно-научных лабораторий, обеспечивающих глубокое изучение студентами технических дисциплин, а также выполнение под руководством ученых института фундаментальных и прикладных научно-исследовательских работ.

Профессорско-преподавательский состав

Профессорско-преподавательский состав включает 35 преподавателей, из которых 25 составляют штатные преподаватели, 1 офис менеджер и 3 лаборанта.

Из них, доктора наук- 4, кандидаты наук- 6.

В институте преподают ведущие ученые и педагоги Кыргызской Республики. Среди них лауреаты Государственных премий КР, заслуженные работники образования и деятели науки КР, изобретатели.

Научно-исследовательская деятельность

В институте работают 15 научных направлений.

Научные направления деятельности института:

• Применение новых технологий обучения.
• Эпизоотология фасциоллеза овец и других жвачных животных в условиях Жалал –Абадской области.
• Исследование изменения воздействия ультрафиолетовых лучей по сезонам года в городе Джалал- Абад.
• Оценка НДС склонов водохранилищ, плотин гидротехнических сооружений.
• Оценка перспектив гидроэнергетического потенциала малых рек республики и исследование возможности их использования для выработки электрической энергии.

В институте ведется научно-исследовательская работа (НИР)

В рамках проекта:

• Фонд поддержки образовательных инициатив «Развитие критического мышления посредством программы чтения и письма»;
• Программа USAID «Качественное образование»;
• Программа ЮНИСЕФ «Школа лидеров», «Создание благоприятной обстановки в чрезвычайных ситуациях», «Добро пожаловать в школу»;
• Программа АБР «Разработка национального куррикулума»;
• Фонд защиты детей «Программа инклюзивного обучения»;
• Международная организация IFES;
• Фонд Агахана – «Гражданское образование»
• Влияние экофакторов на лекарственные растения, изучение генетико-биологических особенностей коз молочного типа и применение лекарственных растений фасциолеза овец и коз в условиях Жалал-Абадской области.

В институте организованы и проводятся олимпиады по предметам Ежегодно студенты участвуют в международных, региональных и республиканских олимпиадах и являются призерами по математике, информатике и др. науках.

Сотрудничество института с другими организациями и заведениями

На основании заключенных договоров институт сотрудничает со следующими международными организациями и заведениями:

• Казахский национальный университет имени Аль-Фараби, РК, г. Алма-Ата.
• Казахский национальный педагогический университет имени Абая, РК, г. Алма-Ата.
• Жезказганский университет имени О.А.Байконурова, Казахстан.
• Институт органической химии имени Н. Д. Зелинского РАН, г. Москва
• Кыргызский национальный университет им. Ж.Баласагына, КР, г.Бишкек.
• Кыргызский государственный университет им. И.Арабаева КР, г. Бишкек.
• Кыргызско-Турецкий университет "Манас" КР, г. Бишкек.
• Кыргызская государственная медицинская академия им. И.К. Ахунбаева.
• Кыргызский государственный технический университет им. И. Раззакова КР, г.Бишкек.
• Ошский государственный университет, КР, г.Ош.
• Ошский государственный социальный университет КР, г. Ош.
• Ошский технологический университет им. М.Адышева КР, г. Ош.
• Нарынский государственный университет имени С. Нааматова. КР, г.Нарын.
• Иссык-Кульский государственный Университет имени Касыма Тыныстанова, г. Каракол.
• Новосибирский государственный университет.
• Казакско-Британский технический университет.
• Южно-Уральский государственный университет.
• Ташкентский государственный университет.
• Андижанский государственный университет, г.Андижан.
•  Бишкекский государственный университет имени К. Карасаева,г. Бишкек).
• Университет Хоэнхайм (Германия).
• Венский аграрный университет природных ресурсов и естественных наук, Австрия.
• Центральноевропейский университет, Венгрия, Будапеш
• Сибирское отделение Российской Академии наук , г. Новосибирск.
• Кыргызско-Российский Славянский Университет, г.Бишкек.
• Политехнический Университет, Россия г. Нижний Новгород.
• Узбекский Национальный Университет имени М.Улугбека, г.Ташкент.
• Кыргызский Государственный Университет строительства и транспорта,г.Бишкек.